Negli anni seguenti, l'ammiraglio entra in aziende come la Syntek specializzata nella creazione e vendita di software di analisi, e nel febbraio 2002 viene nominato dal Pentagono a capo dell'Information Awareness Office. L'Iao è un ufficio della Defence Advanced Research Project Agency (Darpa) che ha il progetto di creare un database, denominato Total Information Awareness, a disposizione del governo per incrociare informazioni pubbliche e private sui cittadini. Il Tia, che ufficialmente verrebbe usato solo per la lotta al terrorismo, suscita le proteste delle associazioni di difesa della privacy e vale a Poindexter il nomignolo di "mister Big Brother" . Nel novembre 2002, un giornalista del San Francisco Weekly ha l'idea di pubblicare l'indirizzo di casa e il numero di telefono di Poindexter in Maryland. Il numero viene rapidamente disattivato, segno evidente che l'ammiraglio non ama essere sotto i riflettori. Ma la miccia è ormai innescata, e centinaia di siti iniziano a pubblicare le foto della casa di Poindexter scattate dal satellite e dal margine della strada, o recuperano la sua biografia stranamente sparita dal sito della Darpa. Ne nasce una specie di gioco intitolato "Tracciare John Poindexter", in cui è mister Big Brother a finire sotto sorveglianza. Nel maggio 2003, il Tia viene ribattezzato Terrorism Information Awareness ma l'approvazione dei fondi subisce un primo stop al Senato. Ma Poindexter non demorde e ritorna agli onori delle cronache in agosto con il Pam, il progetto del Pentagono per istituire una Borsa dei Futures per scommettere sulla probabilità degli attentati terroristici. Con il Pam, Poindexter dimostra di essere, a suo modo, un visionario. E di essere destinato, nonostante ami così tanto l'ombra, a tornare ancora sotto i riflettori.